El PNFI se enfrenta a grandes retos para los cuales contribuye con la formación de profesionales que respondan a materializar los beneficios que conllevan las propuestas de innovación tecnológica a la sociedad venezolana. Venezuela años atrás era independiente totalmente en el área científico-tecnológico, pero gracias a los proyectos ejecutados por el presidente de la República en aquel entonces Hugo Chávez Frías, en enero de 2007 se crea un ministerio para las Telecomunicaciones y la informática; uno de los primeros retos fue el Satélite Venezolano VENESAT-1, Simón Bolívar el cual nos convierte (Informática) en el principal motor de la sociedad de la información. Otro reto es crear un Software adecuado; crear tecnologías más ligeras, ágiles y baratas. Un reo mayor es formar profesionales que generen nuevos avances tecnológicos y que de esta forma contribuya para un mayor desarrollo en el país.
El reto más importante está en conseguir un desarrollo de software adecuado para los sistemas modernos que son cada vez más complejos y realizan tareas más importantes. Desde un punto de vista teórico, el desafío consiste en diseñar modelos, métodos, lenguajes y herramientas que permitan abordar el desarrollo de sistemas más y más complejos, combinando miles de elementos y ejecutándose en plataformas diferentes.
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